温室可以利用机械通风或自然通风。机械通风需要有百叶进风口、抽风机、电力系统。自然通风）利用了两种物理现象：热浮力（热空气密度低上浮）和通风效应（外界空气由侧窗流入，造成了压力差，进而形成风）。通风的条件就是需要有进风口和出风口、风机和电力系统，有的温室不用风机而是采用人工的方式。与机械通风相比，自然通风耗费电能少，只是当窗户打开时会有噪音。在运用自然通风时，还需要设置喷雾装置，因为夏季室外风速通常较低，自然通风效果不明显。切记不论哪种通风方式，室内的温度永远不会低于室外温度。
对于大多数又窄又长的独栋温室来说，机械通风需要将风从进气口吸入，使之穿过整个温室达到对面的抽风机，而自然通风则是使风在侧窗和天窗之间流动。对于连栋温室来说，机械通风的进风口和出风口分别安装在两侧，除了自然通风以外还要有遮阴网。
极致的自然通风系统还包括温室的屋顶设计，可以使得空气最大限度地流通，从而使室内温度接近室外温度。而机械通风则不可能使得这样大量的空气流动而达到相同的效果。当温室内安装防虫网后，在通风效率中就要考虑到这层因素，因为防虫网经常比进气道面积要大，阻止了空气的大量进入。
不论采用哪种通风方式，温室内平稳的空气流动是非常重要的，因为只有这样植物周围的环境才能相似，植物长势才能整齐一致。所以为了促进空气水平流动，还需要安装风扇。
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